Em uma época em que o poder religioso confundia-se com o poder real, o Papa Gregório IX, em 20 de abril de 1233 editou duas bulas que marcam o início da Inquisição, instituição da Igreja Católica Romana que perseguiu, torturou e matou vários de seus inimigos, ou quem ela entendesse como inimigo, acusando-os de hereges, por vários séculos. A bula "Licet ad capiendos", a qual verdadeiramente marca o início da Inquisição, era dirigida aos dominicanos, inquisidores, e era do seguinte teor: "Onde quer que os ocorra pregar estais facultados, se os pecadores persistem em defender a heresia apesar das advertências, a privar-los para sempre de seus benefícios espirituais e proceder contra eles e todos os outros, sem apelação, solicitando em caso necessário a ajuda das autoridades seculares e vencendo sua oposição, se isto for necessário, por meio de censuras eclesiásticas inapeláveis"

No mesmo ano, foi nomeado inquisidor da região de "Loira", Roberto el Bougre, que com saques e execuções em massa, logo após dois anos foi promovido a responsável pela inquisição em toda a França. Em 1252, o Papa Inocêncio IV editou a bula "Ad extirpanda", a qual instucionalizou o Tribunal da Inquisição e autorizava o uso da tortura. O poder secular era obrigado a contribuir com a atividade do tribunal da igreja.

Tribunal da Inquisição, Goya

Nos processos da inquisição a denúncia era prova de culpabilidade, cabendo ao acusado a prova de sua inocência. O acusado era mantido incomunicável; ninguém, a não ser os agentes da Inquisição, tinha permissão de falar com ele; nenhum parente podia visitá-lo. Geralmente ficava acorrentado. O acusado era o responsável pelo custeio de sua prisão. O julgamento era secreto e particular, e o acusado tinha de jurar nunca revelar qualquer fato a respeito dele no caso de ser solto. Nenhuma testemunha era apresentada contra ele, nenhuma lhe era nomeada; os inquisidores afirmavam que tal procedimento era necessário para proteger seus informantes. A tortura só era aplicada depois que uma maioria do tribunal a votava sob pretexto de que o crime tornara-se provável, embora não certo, pelas provas. Muitas vezes a tortura era decretada e adiada na esperança de que o medo levasse à confissão. A confissão podia dar direito a uma penalidade mais leve e se fosse condenado à morte apesar de confesso, o sentenciado podia "beneficiar-se" com a absolvição de um padre para salvá-lo do inferno. A tortura também podia ser aplicada para que o acusado indicasse nomes de companheiros de heresia.

As testemunhas que se contradiziam podiam ser torturadas para descobrir qual delas estava dizendo a verdade. Não havia limites de idade para a tortura, meninas de 13 anos e mulheres de 80 anos eram sujeitas à tortura. As penas impostas pela inquisição iam desde simples censuras (leves ou humilhantes), passando pela reclusão carcerária (temporária ou perpétua) e trabalhos forçados nas galeras, até a excomunhão do preso para que fosse entregue às autoridades seculares e levado à fogueira. Castigos esses normalmente acompanhados de flagelação do condenado e confiscação de seus bens em favor da igreja. Podia haver privação de herança até da terceira geração de descendentes do condenado. Obrigação de participar de cruzadas tembém foi pena durante o século XIII.

Na prisão perpétua, considerada um gesto de misericórdia, o condenado sobrevivia a pão e água e ficava incomunicável. Nem o processo nem a pena suspendiam-se com a morte, pois a inquisição mandava "queimar os restos mortais do hereje e levar as cinzas ao vento", confiscando as propriedades dos herdeiros. Havia também, muito comum na inquisição portuquesa e na espanhola, a execução em efígie, onde era queimada a imagem do condenado, quando este fugia e não era encontrado. Livros também eram levados à fogueira.

O inquisidor Nicolau Eymerich, em 1376, escreveu o "Directorium Inquisitorum" (Manaul dos Inquisidores), onde encontramos conceitos, normas processuais a serem seguidas, termos e modelos de sentenças a serem utilizadas pelos inquisidores: